Η διοικητική διαίρεση της Ρούμελης ήταν ανάλογη με αυτήν της Πελοποννήσου. Οι επαρχίες διανέμονταν μεταξύ του σαντζάκ Νεγρεπόντε (Εύβοια), το οποίο αρχικά ήταν υπό τη δικαιοδοσία του Καπουδάν-πασά, Λεπάντο (Ναύπακτος) και Κάρλελι (Αιτωλία και Ακαρνανία), το οποίο περιλαμβανόταν στο σαντζάκ της Ευβοίας, αλλά επειδή η είσπραξη της δεκάτης είχε δοθεί στη Βαλιντέ, διοριζόταν ο πασάς κατευθείαν από την Πύλη.
Οι οθωμανικές αρχές ήταν όμοιες με αυτές στην Πελοπόννησο. Εκτός από τις πρωτεύουσες των σαντζάκ που διορίζονταν πασάδες τριών ιππουρίδων, υπήρχε σε κάποιες επαρχίες ένας βοεβόδας ή σε άλλες μπουλούκμπασης ή μόνο ένας σούμπασης (τοπικός αξιωματούχος), με αρμοδιότητες ανάλογες του βοεβόδα. Όλοι διορίζονταν από εκείνους στους οποίους υπαγόταν η επαρχία και ανήκαν οι πρόσοδοι (τα φορολογικά εισοδήματα). Υπήρχαν επίσης καδήδες και αγιάνηδες.
Ως προς το σύστημα αυτοδιοίκησης και εδώ κάθε πόλη ή χωριό αποτελούσε κοινότητα που διευθυνόταν από κοτζάμπαση ή προεστό, το ίδιο και τα κεφαλοχώρια, αλλά υπό την εποπτεία του σούμπαση. Οι τρόποι της εκλογής και τα καθήκοντά τους ήταν όμοια, μόνο ο χρόνος της αρχής τους ήταν διαρκέστερος, τουλάχιστον διετής ή τριετής, συνήθως δε εφ’ όρου ζωής και μάλιστα σε πολλές περιπτώσεις μεταβιβαζόταν από πατέρα σε παιδί, με κληρονομικό δικαίωμα.
Υπήρχαν και επαρχιακές συνελεύσεις, στις οποίες αποστέλλονταν αντιπρόσωποι. Επίσης και αυτοί προσέρχονταν στην πρωτεύουσα, συσκέπτονταν και αποφάσιζαν για τους εράνους που επιβάλλονταν και για τη διανομή των φόρων, δίκαζαν και αυτοί, ιδίως δε εξέλεγαν, μαζί με τους προκρίτους της πρωτεύουσας και έναν αγιάνη, ο οποίος προέδρευε συνήθως στη συνέλευση, τους επαρχιακούς άρχοντες ή προεστούς. Και αυτοί ήταν ισόβιοι και ίσχυε κι εδώ το κληρονομικό δικαίωμα. Οι εκλογές γίνονταν συνήθως ελεύθερα, μόνο στην εποχή του Αλή-πασά το δικαίωμα αυτό μηδενίστηκε.
Γενικά το σύστημα αυτοδιοίκησης στη Στερεά Ελλάδα ήταν όμοιο μεν αλλά ατελέστερο από αυτή της Πελοποννήσου και δεν αναπτύχθηκε ποτέ στον ίδιο βαθμό. Αιτία ήταν το γεγονός ότι υπήρχαν πολλές ορεινές επαρχίες, που ήταν έδρα αρματολών και καπετάνιων, που ασκούσαν πολύ μεγάλη επιρροή. Από τον 18ο αιώνα και μετά, όταν η οθωμανική διοίκηση άρχισε να αντικαθιστά τους Έλληνες αρματολούς με μωαμεθανούς Αλβανούς, οι Έλληνες αρματολοί αποσύρθηκαν στα δύσβατα μέρη ως υπερασπιστές της πατρίδας. Τότε οι κοινότητες αναζωογονήθηκαν, καθόσον μάλιστα ο τουρκικός πληθυσμός ήταν εδώ πολύ αραιός.
Οι κοινότητες αναπτύχθηκαν κυρίως στις πεδινές επαρχίες, όμως ουδέποτε έφτασαν να στέλνουν άρχοντες – εκπροσώπους στον πασά ή αντιπροσώπους στην Κωνσταντινούπολη, όπως γινόταν στην Πελοπόννησο, ώστε να μπορούν να θέτουν φραγμούς στην αυθαιρεσία των πασάδων.
Έτσι οι επαρχίες της Στερεάς ήταν εγκαταλελειμμένες στη θέληση των Τούρκων υπαλλήλων και των Ελλήνων προεστών, με αποτέλεσμα να αισθάνονται πολύ βαρύτερο το ζυγό της δουλείας.
Ιδιαίτερη περίπτωση αποτελούσε η Αθήνα, η οποία λόγω εύνοιας της σουλτανικής κυβέρνησης, δεν υπαγόταν στη δικαιοδοσία του πασά, αλλά στον Κιζλάρ-αγά ή τον αρχιευνούχο του σουλτάνου, στον οποίο ανήκαν και οι πρόσοδοι. Αυτός αντιπροσωπευόταν από τρεις μόνο αξιωματικούς, τον βοεβόδα, ως διοικητή της πόλης, τον διοβάρη ή φρούραρχο της Ακρόπολης και τον καδή, ο οποίος δίκαζε τους μωαμεθανούς κατοίκους.
Η εσωτερική διοίκηση ήταν υπόθεση των ίδιων των Αθηναίων, οι οποίοι είχαν επικεφαλής πολυάριθμο συμβούλιο επιτρόπων ή γερόντων, οι οποίοι διακρίνονταν γιατί μόνο αυτοί φορούσαν ένα μικρό πίλο (μάλλινο ή τσόχινο κάλυμμα του κεφαλιού). Το συμβούλιο αυτό εκλεγόταν ισόβια από τα επιφανή μέλη της κοινότητας και συγκέντρωνε όχι μόνο τη διοίκηση αλλά και τα οικονομικά, εκκλησιαστικά θέματα της κοινότητας καθώς και τη δικαστική εξουσία. Υπήρχε επίσης γραμματέας, που εκτελούσε χρέη συμβολαιογράφου και φύλασσε τα συμβόλαια μεταξύ των χριστιανών.
Στους οθωμανούς υπαλλήλους απέμενε μικρή εξουσία, άρα τα περιθώρια αυθαιρεσίας ήταν μικρά, διότι εάν το συμβούλιο παραπονιόταν στον Κιζλάρ-αγά, αυτοί παύονταν ή μετατίθεντο.