Νησιά του Αιγαίου
Τα νησιά του Αιγαίου είχαν καθεστώς ειδικών προνομίων, όπως και η Μάνη. Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι οι Τούρκοι δεν εγκαταστάθηκαν ποτέ μόνιμα, με αποτέλεσμα οι νησιώτες να απολαμβάνουν πολλές ελευθερίες, να πληρώνουν μόνο τους φόρους, χωρίς να έχουν τοπικά ουσιαστική τουρκική διοίκηση. Εξάλλου, παρά την τουρκική κατάκτηση, ουσιαστικά στις Κυκλάδες κυρίαρχοι ήταν οι Φράγκοι.
Οι Κυκλάδες είχαν το προνόμιο να ανήκουν απευθείας στον Τούρκο αντιναύαρχο Καπουδάν πασά. Μόνο η Τήνος ανήκε ως τιμάριο σε Οθωμανό αξιωματούχο, ενώ η Άνδρος και η Σύρος ανήκαν στην εκάστοτε ευνοούμενη σουλτάνα. Έτσι τα νησιά αυτά διοικούνταν ηπιότερα και οι φόροι ήταν ελαφρύτεροι.
Σε κάθε νησί ανώτατος διοικητής ήταν ο βοεβόδας, από τον 17ο αιώνα και μετά όμως, όταν άρχισε να διορίζεται Έλληνας διερμηνέας παρά τον Καπουδάν-πασά, τα νησιά απέκτησαν περισσότερα προνόμια και σε πολλά νησιά δεν διοριζόταν βοεβόδας ή ήταν Έλληνας, τον οποίο πρότειναν οι νησιώτες.
Καδής δεν υπήρχε παντού, π.χ. στην Πάρο αναπληρωνόταν από Έλληνα, ή σε άλλες περιπτώσεις είχε στη δικαιοδοσία του περισσότερα νησιά ή έμενε στην Κωνσταντινούπολη και λάβαινε εκεί το μισθό του. Οι τουρκικές αρχές ήταν πάρα πολύ αδύναμες έως ανύπαρκτες, γι’ αυτό και το σύστημα αυτοδιοίκησης ήταν πολύ ισχυρό.
Και στα νησιά όπου υπήρχαν χωριά και πόλεις εκλέγονταν δημογέροντες ή πρωτόγεροι. Στις αρχές συγκεντρώνονταν τα μέλη της κοινότητας και εξέλεγαν έναν ή δύο δημογέροντες. Καθήκον τους ήταν η τήρηση της τάξης και της ασφάλειας, καθώς και η κατανομή και συγκέντρωση των φόρων. Όταν οι δημογέροντες προσκαλούνταν από τους προεστούς για συνέλευση στην πρωτεύουσα, όφειλαν να ανακοινώνουν στην κοινότητα το θέμα και να ζητήσουν τη γνώμη των πολιτών. Ο αριθμός των αρχόντων ήταν άλλοτε ένας, άλλοτε δύο (Ικαρία, Πάτμος) ή ακόμα και τέσσερις (Χίος). Μετά τη λήξη της θητείας τους ονομάζονταν γέροντες (βεκιάρδοι) και διατηρούσαν ευθύνες στη διοίκηση (Μήλος). Η θητεία αυτών των κοινοταρχών ήταν ετήσια.
Μόλις σχηματιζόταν νέο συμβούλιο αρχόντων, ζητούσαν από τους προκατόχους τους απολογισμό εξόδων, κατάστρωναν τον προϋπολογισμό και έστελναν στην Κωνσταντινούπολη αντιπροσώπους για να πληροφορηθούν το ποσό του ετήσιου φόρου.
Μετά την είσπραξη των φόρων, κάθε Αύγουστο, αποστέλλονταν στην Κωνσταντινούπολη αντιπρόσωποι των νησιών, οι οποίοι προσκόμιζαν τους φόρους στον Καπουδάν-πασά. Τα νησιά ήταν υποχρεωμένα επίσης σε περίπτωση πολέμου να δίνουν στον Καπουδάν-πασά ναύτες και πλοία.
Έτσι τα νησιά ουσιαστικά απολάμβαναν προνόμια, εξαιτίας των οποίων αναπτύχθηκε το κοινοτικό τους σύστημα. Εξάλλου η οθωμανική κυβέρνηση στήριζε σ’ αυτά τη ναυτική της δύναμη και γι’ αυτό είχαν ειδική μεταχείριση.
Στην Ύδρα και στις Σπέτσες ή στα Ψαρά υπήρχαν τουρκικοί υπάλληλοι, όμως όλη η τοπική εξουσία ήταν στα χέρια των Ελλήνων. Στην Ύδρα και στις Σπέτσες η αυτοδιοίκηση είχε αριστοκρατικό χαρακτήρα και η τάξη από την οποία προέρχονταν οι άρχοντες ήταν οι νοικοκυραίοι, όσοι είχαν διαπρέψει στη ναυτιλία και είχαν προκόψει λόγω της προσωπικής τους ικανότητας. Δεύτερη τάξη ήταν οι πλοίαρχοι ή καπετάνιοι που υπηρετούσαν σε πλοία άλλων πλοιοκτητών και μετά η τάξη των ναυτών. Πλοίαρχοι και ναύτες ήταν εξαρτημένοι από την εύνοια των νοικοκυραίων.