Όλες οι ανώτερες σχολές, με ελάχιστες εξαιρέσεις δημιουργήθηκαν ή αναμορφώθηκαν κατά το χρονικό διάστημα 1669-1821 και ήταν ιδιωτικές . Στην περίοδο αυτή δημιουργούνται σχολές στα περισσότερα ακμαία εμπορικά κέντρα από την Βόρεια Ήπειρο και την Μακεδονία μέχρι την Στερεά, τα νησιά του Αιγαίου και τα μικρασιατικά παράλια.[1]
Μια ανώτερη σχολή περιελάμβανε δύο κύκλους μαθημάτων: τον γραμματικό και τον επιστημονικό. Ο πρώτος ήταν αφιερωμένος στη διδασκαλία της γραμματικής και της σύνταξης και ο δεύτερος στη διδασκαλία κειμένων διαφόρων συγγραφέων. Πολύ μεγάλη βαρύτητα είχε το μάθημα του πρώτου κύκλου, της Γραμματικής και της σύνταξης. Να σημειωθεί ότι μέσα στον 18ο αιώνα (1725-1800) το ποσοστό των Γραμματικών που εκδόθηκαν ανέβηκε από το 9% στο 14% στο σύνολο των ελληνικών βιβλίων που εκδίδονταν.[2]
Στον δεύτερο κύκλο σπουδών, διδάσκονταν μαθήματα, όπως Λογική, Φιλοσοφία, Θεολογία, Γεωγραφία και, όπου υπήρχε η δυνατότητα, Μαθηματικά και Ρητορική. Από τα μέσα του 18ου αιώνα και μετά εμφανίζεται και η διδασκαλία των Φυσικών Επιστημών.
Το μάθημα της Ρητορικής περιελάμβανε έργα αρχαίων και χριστιανών συγγραφέων, καθώς και ασκήσεις των μαθητών στη σύνταξη λόγων. Κυρίως αφορούσε τους μαθητές που προέρχονταν από την τάξη του κλήρου και ήθελαν να γίνουν ιεροκήρυκες. Το μάθημα της Λογικής το διδάσκονταν από βιβλίο του Θεόφιλου Κορυδαλέα, το οποίο από τα μέσα του 18ου αιώνα αντικαταστάθηκε από ομότιτλο έργο του Ευγένιου Βούλγαρη.
Το μάθημα της Φιλοσοφίας διεξαγόταν με βάση τον Αριστοτέλη, όπως τον είχε ερμηνεύσει ο Κορυδαλέας. Αλλάζει η κατάσταση όταν εμφανίζεται ο Ευγένιος Βούλγαρης, ο οποίος παραμερίζει τα αριστοτελικά κείμενα και εισάγει σε πρώτο στάδιο μεταφρασμένα αποσπάσματα από ξένα χρηστικά και διαδεδομένα έργα. Σε δεύτερο στάδιο συντάσσει προσωπικά έργα για τους βασικούς κλάδους της Φιλοσοφίας. Με δυο λόγια , ο Βούλγαρης οργανώνει τον χώρο της Φιλοσοφίας στους τρεις τομείς: Λογική, Εισαγωγή στη Φιλοσοφία και Μεταφυσική. Στις αρχές του 19ου αιώνα αρχίζουν να λειτουργούν τα λεγόμενα «νεωτερικά σχολεία», σχολεία δηλαδή στα οποία έχουν εισέλθει οι ιδέες του Διαφωτισμού.
[1] Ιωάννινα, Άρτα, Μέτσοβο, Καστοριά, Κοζάνη, Σιάτιστα (Ήπειρος και δυτική Μακεδονία)· Μοσχόπολη (Βόρεια Ήπειρος)· Αμπελάκια,Τύρναβος (Θεσσαλία)· Αθήνα (Στερεά)· Πάτμος (Κυκλάδες)· Μηλιές, Ζαγορά (Πήλιο)· Αθωνιάδα Σχολή (Άγιο Όρος)· Σμύρνη (Μικρά Ασία)· Ιάσιο και Βουκουρέστι (Παραδουνάβιες Ηγεμονίες)· Κωνσταντινούπολη· Χίο, Σμύρνη, Κυδωνίες· Δημητσάνα (Πελοπόννησος)· Παροικίες: το Φιλολογικόν Φροντιστήριον στην Βενετία
[2] Ιστορία του Ελληνικού Έθνους, τόμος Ι, σελ. 325.