Η κατάκτηση του ελλαδικού χώρου δεν έγινε την ίδια περίοδο, αφού ακόμη και μετά την πτώση της Κωνσταντινούπολης, το 1453, πολλές επαρχίες, κυρίως πολλά νησιά, καθώς και η Πελοπόννησος ήταν ακόμη ελεύθερες και κατακτήθηκαν σταδιακά. Ανάλογα λοιπόν με την αντίσταση που πρόβαλε κάθε τόπος, αν δηλαδή μια περιοχή ήταν “δορυάλωτη” ή “μη δορυάλωτη” (κατακτηθείσα ή όχι), επιβλήθηκαν από τον κατακτητή πιο σκληροί ή πιο επιεικείς όροι και δόθηκαν μικρότερα ή μεγαλύτερα προνόμια.
Από τα 32 εγιαλέτια (μέγιστες διοικητικές περιφέρειες), στα οποία χωρίστηκε το οθωμανικό κράτος, αυτά που αφορούσαν τον ελλαδικό χώρο ήταν τρία:
• το Εγιαλέτι της Ρούμελης
• το Εγιαλέτι των Νησιών και της Άσπρης θάλασσας
• το Εγιαλέτι της Κρήτης.
Υποδιαίρεση του εγιαλετίου ήταν το σαντζάκι (με έκταση πολύ μεγαλύτερη από τους σημερινούς νομούς, π.χ. της Πελοποννήσου, το σαντζάκι διαιρείτο σε καζάδες (επαρχίες) και ο καζάς, πολλές φορές, σε ναχιγιέδες (μικρότερες περιφέρειες).
Οι διοικητές των περιφερειών ήταν Οθωμανοί, αρχικά εκπρόσωποι του στρατιωτικού τιμαριωτισμού. Αργότερα στη θέση τους διορίζονταν βεζίρηδες, πασάδες, βοεβόδες και αυτοί είχαν την πολιτική και στρατιωτική διοίκηση, ενώ παράλληλα ήταν μισθωτές των φόρων.
Η οθωμανική διοίκηση είχε εκχωρήσει στους χριστιανούς τα παρακάτω δικαιώματα:
α) το προνόμιο της εκπροσώπησης, αφού δεν αρκούσαν οι μουσουλμάνοι να επιβλέπουν και να διοικούν τους κατακτημένους σε ολόκληρη την αυτοκρατορία,
β) τον τομέα του εμπορίου, αφού η οθωμανική “αριστοκρατία”, ως τάξη με στρατιωτικό χαρακτήρα, δεν επεδείκνυε ενδιαφέρον για τις εμπορικές επιχειρήσεις,
γ) τη συλλογή των φόρων, δηλαδή τη δραστηριότητα που τροφοδοτούσε τα κρατικά ταμεία και την οποία οι κοινοτικοί άρχοντες μπορούσαν να εκτελούν καλύτερα, ως ενδιάμεση ομάδα που υφίστατο η ίδια την πίεση του κράτους.
Σε γενικές γραμμές, η οθωμανική διοίκηση παραχώρησε στους χριστιανούς και Εβραίους υπηκόους το δικαίωμα της εσωτερικής οργάνωσης της οικονομικής τους ζωής, υπό την προϋπόθεση της καταβολής των κανονισμένων φόρων και του σεβασμού της οθωμανικής νομιμότητας.
Εξάλλου η βασική επιδίωξη του κράτους ήταν η είσπραξη των φόρων και η διατήρηση της τάξης. Ο παραγωγικός πληθυσμός της αυτοκρατορίας ήταν στη συντριπτική του πλειοψηφία αγροτικός και όφειλε να συντηρεί το μηχανισμό της διοίκησης, τον κεντρικό και τον περιφερειακό. Όφειλε να εξυπηρετεί τις ανάγκες του κράτους, τακτικές και έκτακτες, τα έξοδα των τοπικών κυβερνητών, των μετακινήσεων των κρατικών απεσταλμένων και τα έξοδα των κοινοτικών αρχών. Οι ανάγκες αυτές επέτρεψαν την ύπαρξη των κοινοτήτων και προσδιόριζαν τις αρμοδιότητές τους.