Το ίδιο σύστημα που καθιστούσε την κοινότητα υπεύθυνη για την απόδοση των φόρων και της επέτρεπε να απολαμβάνει ένα ποσοστό ελευθερίας, κρατώντας μακριά από τις παρεμβάσεις τα όργανα της κρατικής εξουσίας, έκλεινε μέσα του και τις αιτίες των παραπόνων, των διενέξεων, των διαιρέσεων σε παρατάξεις και των καταχρήσεων, καθώς και των καταπιέσεων που ασκούσαν οι κοινοτικοί άρχοντες πάνω στον ραγιά.
Η δίκαιη κατανομή των φόρων, το βασικό αίτημα για την ιδανική λειτουργία των κοινοτήτων, προσέκρουε σε τεράστιες δυσχέρειες. Εκτός από το κράτος που συχνά καταπίεζε φορολογικά τις κοινότητες, το γεγονός ότι μεταξύ του κράτους και των φορολογουμένων παρεμβάλλονταν μισθωτές και υπομισθωτές των φόρων. Τα πρόσωπα αυτά εξαγόραζαν τα κρατικά όργανα, τα οποία ήταν ταγμένα να ελέγχουν τις αυθαιρεσίες και να ακούνε τα παράπονα των υπηκόων, και κατόρθωναν να εισπράττουν με διάφορες προφάσεις πολύ μεγαλύτερα ποσά από τους φόρους. Έτσι ο μαλικανέ σαϊπής (μισθωτής), ο βοεβόδας (υπομισθωτής), οι κοτσαμπάσηδες του καζά, ο ζαπίτης (αστυνόμος) και ο πρωτόγερος του χωριού, κέρδιζαν όλοι σε βάρος του φορολογούμενου ραγιά.
Την ίδια εποχή, η εξασθένηση της κεντρικής εξουσίας, η παραμέληση των φορολογικών κατάστιχων και η απώλεια, σε μεγάλο βαθμό, του ελέγχου του κράτους πάνω στους φόρους, έδωσαν την ευκαιρία στους Οθωμανούς αγιάνηδες και στους Έλληνες κοτσαμπάσηδες να πλουτίζουν μέσω της είσπραξης των φόρων, αλλά και με άλλες μεθόδους, και να αναδειχθούν σε ισχυρούς τοπικούς παράγοντες.
Η κατανομή βαρύτατων φόρων, καθώς πολλοί κοινοτικοί άρχοντες μεροληπτούσαν ή απαιτούσαν με διάφορα προσχήματα πολύ περισσότερα, προκαλούσε παράπονα, διενέξεις και κοινωνική αναταραχή. Οι άρχοντες αλλά και ο λαός ήταν διαιρεμένοι σε δύο συνήθως παρατάξεις (ταράφια), αντιμαχόμενες, οι οποίες ανταγωνίζονταν μεταξύ τους για την κατάληψη των κοινοτικών αξιωμάτων. Για να πάρουν τα αξιώματα μάλιστα, συνεργάζονταν συχνά με τους Τούρκους καρπωτές των φόρων, οι οποίοι παρενέβαιναν με αντάλλαγμα οικονομικές αξιώσεις, τις οποίες πλήρωνε συνολικά η κοινότητα, με αποτέλεσμα να υποφέρει περισσότερο. Όταν όμως τα πράγματα έφταναν στο απροχώρητο, διάφοροι αξιωματούχοι του κράτους, προς τους οποίους κατέφευγαν οι κάτοικοι της κοινότητας, με ειδοποιήσεις, παραινέσεις, αντικαταστάσεις ή ακόμη και εκτελέσεις κοινοτικών αρχόντων, προσπαθούσαν να περιστείλουν τις κοινωνικές αναστατώσεις και δυσαρέσκειες, επειδή αυτές καθυστερούσαν την είσπραξη των φόρων.
Η καταπίεση από τους κοτσαμπάσηδες προκαλούσε συχνά διαμαρτυρίες και εξεγέρσεις, όπως στη Σάμο το 1808, στη Σκύρο παραμονή του 1821, στον Τύρναβο το 1814, στη Λειβαδιά το 1819. Έτσι σταδιακά η εικόνα του κοτσαμπάση απέκτησε απαξιωτική χροιά, όπως φαίνεται από την αγανάκτηση του ανώνυμου λαϊκού στιχουργού, σε δημοτικό τραγούδι από την Κόνιτσα.
– Άσπρος αϊτός καθόντανε στου Σμόλιγκα τη ράχη.
Βαστούσε και στα νύχια του ανθρώπινο κεφάλι.
Βολές, βολές το τσίμπαγε, βολές, βολές του λέει:
“Κεφάλι, κακοκέφαλο, μωρέ κακό κεφάλι,
Σαν τι κακό ν’ απόκαμες κι έπεσες στα φτερά μου,
Κι έπεσες στα νυχάκια μου, στα νυχοπόδαρά μου;”
– Σίντας ήμουν γκουτζιάμπασης και προεστός της χώρας;
Στους πλούσιους έβαζα εκατό και στους φτωχούς διακόσια
Και μια χήρα, κακόχηρα, την είχα πεντακόσια,
Που ‘χε τ’ αμπέλι το καλό και το πλατύ χωράφι”.
Σε πολλές περιπτώσεις όμως οι κοινοτικοί άρχοντες με τη δύναμη που είχαν, βρίσκονταν σε συνεχή αγώνα για να απαλλάξουν τις κοινότητες από την απληστία των κρατικών αρχόντων και δεν ήταν σπάνιες οι περιπτώσεις που πετύχαιναν ευνοϊκές ρυθμίσεις υπέρ της κοινότητας, όσον αφορά τη ρύθμιση των φόρων ή την απομάκρυνση βοεβόδα ή καδή, ή ακόμη και πασά, με τυραννικές και αρπακτικές διαθέσεις.